.jpeg)
Один тест может выявить множество известных источников генетических вариаций, лежащих в основе синдрома дефицита репарации несоответствия при наследственном раке толстой кишки, эндометрия и других раковых заболеваниях, сообщают исследователи в журнале Journal of Molecular Diagnostics
Исследователи разработали новый интегрированный генетический / эпигенетический протокол секвенирования ДНК, известный как MultiMMR, который может идентифицировать наличие и причину дефицита репарации несоответствия (MMR) в одном тесте из небольшого образца ДНК в толстой кишке, эндометрии и других раковых опухолях. Эта альтернатива сложным, многоступенчатым рабочим процессам тестирования также может определить причины дефицита MMR, часто пропущенные текущими клиническими тестами. Их результаты представлены в журнале молекулярной диагностики, издаваемом компанией Elsevier.
Гены MMR отслеживают и исправляют ошибки, которые могут возникнуть при нормальной репликации и рекомбинации клеток. При некоторых наследственных и приобретенных раковых заболеваниях один или несколько генов MMR деактивируются. “Влияние MultiMMR очень велико. Опухоли с дефицитом MMR хорошо реагируют на новые методы иммунотерапии рака, – объясняет ведущий исследователь Тревор Дж.пью, доктор философии, кафедра медицинской биофизики Университета Торонто; онкологический центр принцессы Маргарет, Университетская сеть здравоохранения; и Институт Онтарио по изучению рака, Торонто, Онтарио, Канада. – Определение того, есть ли у человека наследственная форма дефицита MMR, также может позволить клиницистам регистрировать пациентов в активном наблюдении, участвовать в стратегиях снижения риска и предоставлять генетическое тестирование родственникам-потенциально улучшая результаты пациентов”.
Стандартное клиническое тестирование на дефицит ММР может быть непоследовательным, требующим многочисленных тестов и видов экспертизы, что приводит к неоптимальному уходу за пациентами. Тесты на секвенирование нового поколения приобрели популярность и используются в клинических лабораториях. Однако они не идентифицируют все генетические вариации для дефицита MMR, и часто требуется дополнительное тестирование.
MultiMMR одновременно тестирует метилирование промотора, мутации, статус числа копий, нейтральную потерю гетерозиготности и микросателлитную нестабильность из небольшого количества ДНК. В этом исследовании исследователи секвенировали ДНК из 142 образцов (82 нормальных и 60 опухолевых образцов) от 82 пациентов с MMR-ассоциированным колоректальным, эндометриальным и мозговым раком. В качестве положительного контроля результаты для 45 пациентов были сопоставлены с предыдущим клиническим тестированием с использованием обычных анализов. Они также использовали MultiMMR для профилирования коммерчески доступного контроля ДНК, который включает в себя 11 вариантов, которые трудно обнаружить с помощью секвенирования следующего поколения.
Для выявления наличия дефицита MMR анализы метилирования промоторов MultiMMR и нестабильности микросателлитов показали 95% и 97% соответствие клиническим тестам соответственно. При выявлении вариантов, ответственных за дефицит MMR, MultiMMR соответствовал результатам клинических испытаний в 23 из 24 случаев. Тест выявил все 11 мутаций в синтетической смеси при многократном секвенировании и выявил дефицит репарации несоответствия у 29 пациентов с неполным или неокончательным тестированием. Группа смогла выявить причины ММР, которые часто упускаются из виду текущим клиническим каскадом.
“Мы показали, что наличие и причину MMR можно определить в одном тесте, из одной аликвоты ДНК, тем самым наилучшим образом используя доступные ткани, оптимизируя рабочие процессы и улучшая интегрированную отчетность по Линчу и связанным с ним наследственным Ракам”, – комментирует ведущий автор Лесли Олдфилд, магистр медицины, Департамент медицинской биофизики Университета Торонто; и онкологический центр принцессы Маргарет, Университетская сеть здравоохранения, Торонто, Онтарио, Канада.
.jpeg)
.jpeg)
.jpeg)
.jpeg)
.jpeg)
.jpeg)
.jpeg)
.jpeg)
