Медики научились диагностировать все известные инфекции по капле крови

Генетики из США создали «универсальный» тест на инфекции, диагностирующий следы всех 307 известных бактериальных патогенов и все их особо опасные разновидности по капле крови или слюны.

Предложенная технология в тысячу раз более чувствительна, чем традиционные методики «слепого» тестирования, заявила Орхид Алликок (Orchid Allicock) из Колумбийского университета в Нью-Йорке (США).

Ученые сообщают о платформе, которая повышает чувствительность высокопроизводительного секвенирования для обнаружения и характеристики бактерий, детерминантов вирулентности и антимикробной резистентности (AMR).

Система использует набор зондов, состоящий из 4,2 млн олигонуклеотидов на основе базы данных Центра интеграции ресурсов (PATRIC), базы данных всеобъемлющего антибиотикорезистентности (CARD) и базы данных фактора вирулентности (VFDB), представляющей 307 видов бактерий, которые включают в себя все известные виды человеческих патогенов, известных антимикробных генов устойчивости и известных факторов вирулентности, соответственно.

BacCapSeq представляет собой метод дифференциальной диагностики бактериальных инфекций и определение чувствительности антимикробных профилей, который имеет потенциал для снижения заболеваемости и смертности, затрат на здравоохранение, а также нерационального использования антибиотиков, что способствует развитию резистентности к противомикробным препаратам.

Более 1,5 млн. человек ежегодно подвергаются сепсису только в Соединенных Штатах; около 250 000 случаев имеют смертельные исходы. Текущий диагноз сепсиса основан на культуре и может потребовать от 48 до 72 часов. Еще одна проблема заключается в том, что некоторые патогенные бактерии, такие как Legionella или Bartonella, трудно культивировать.

Были установлены мультиплексные ПЦР-системы для дифференциальной диагностики инфекции, выявляющей до 19 патогенных бактерий. Однако в настоящее время ни одна платформа не позволяет быстро и одновременно анализировать филогению, маркеры патогенности и противомикробную резистентность (AMR), необходимые для раннего и точного лечения антибиотиками, которые могут снизить заболеваемость, смертность и экономические затраты.

Орхид Алликок с коллегами решили эту проблему. 4 млн магнитных наночастиц распознают геном патогенных бактерий, используя для этого прикрепленные к ним фрагменты ДНК. Выловленные бактерии уже распознаются при помощи секвенатора ДНК.

aspekty.net